Der Vorstand und der Beirat bilden die Organe der Ernst-Abbe-Stiftung.
Stiftungsvorstand
Christoph Matschie (Vorsitz)
Dr. Stefan Danz
Justus Wehmer
Stiftungsbeirat
Prof. Dr. Walter Rosenthal (Vorsitz)
Prof. Dr. Elmar Heinemann
Dr. Birgit Klaubert
Dr. Felix Streiter
Geschäftsführung
Rolf Ferdinand Schmalbrock (Geschäftsführer)
Jörg Hühn (Stellvertretender Geschäftsführer)
Prisca Isabella Engeser (Stellvertretende Geschäftsführerin)