Der Vorstand und der Beirat bilden die Organe der Ernst-Abbe-Stiftung.
Stiftungsvorstand
Christoph Matschie (Vorsitz)
Dr. Stefan Danz
Justus Wehmer
Stiftungsbeirat
Dr. Felix Streiter (Vorsitz)
Prof. Dr. Andreas Marx
Prof. Dr. Elmar Heinemann
Dr. Birgit Klaubert
Geschäftsführung
Jörg Hühn (Stellvertretender Geschäftsführer)
Prisca Isabella Engeser (Stellvertretende Geschäftsführerin)