Ernst Abbe gestaltete und prägte mit seinen Leistungen und mit der Gründung der Carl-Zeiss-Stiftung nicht nur seine Zeit, sondern auch die Zukunft.
Am 19. Mai 1889 wurde durch Ernst Abbe die Carl-Zeiss-Stiftung gegründet, mit dem Ziel der wirtschaftlichen Sicherung der Stiftungsunternehmen, der Erfüllung sozialer Pflichten gegenüber den Mitarbeitern der Stiftungsbetriebe und zugunsten der Einwohner Jenas sowie der Förderung der Jenaer Universität.
Im Jahr 1949 bestätigte das Kultusministerium Württemberg-Baden den Doppelsitz Jena und Heidenheim der Carl-Zeiss-Stiftung.
Im Zuge der Wiedervereinigung Deutschlands wurde am 25. Juni 1991 eine Grundsatzvereinbarung zwischen den Ländern Thüringen und Baden-Württemberg, den Firmen JENOPTIK, Carl Zeiss GmbH, Carl Zeiss Oberkochen, Jenaer Glaswerk und SCHOTT Glaswerke Mainz geschlossen: Es gibt zukünftig nur noch eine Carl-Zeiss-Stiftung mit Sitzen in Jena und Heidenheim, und es wird zu Ehren Ernst Abbes, des Gründers der Carl-Zeiss-Stiftung, eine gemeinnützige Stiftung mit seinem Namen in Jena auf den Weg gebracht.
Am 10. Juni 1992 fand die Unterzeichnung der Stiftungsurkunde der Ernst-Abbe-Stiftung statt. Mit diesem Akt wurde der neugegründeten Stiftung das gesamte nichtindustrielle Vermögen der traditionsreichen Carl-Zeiss-Stiftung zu Jena übertragen. Die Stiftung dient der Förderung von Wissenschaft, Forschung und sozialen Zwecken.
1998 wurde der Stiftungszweck der Ernst-Abbe-Stiftung um die Förderung von Innovation, besonders in Thüringen, erweitert.
Im Jahr 2017 feierte die Ernst-Abbe-Stiftung ihr 25jähriges Bestehen. Anknüpfend an ihre historischen Wurzeln engagiert sich die noch junge Stiftung unter anderem in der Entwicklung der wissenschaftlichen Infrastruktur in Thüringen, (co-)finanziert Forschungsvorhaben und leistet einen bedeutsamen Beitrag für die Thüringer Wissenschaftslandschaft.
